莫道克大学设有六大学院和16个系,包括人文教育学院,法律商业学院,创新科技和媒体学院,矿产和能源学院,环境和生命科学学院。莫道克大学开设有180多个本科、硕士和博士课程,包括会计、动物科学、亚洲研究、贸易、信息技术、政治学、国际研究、工程学、法律、环境科学、数学、物理、医学、药剂学、社会学、人类学、教育学、媒体研究、通讯研究、心理学、兽医科学、生物医疗科学等等。
莫道克大学最出名的学科是兽医系,其它优势学科还包括哲学,亚洲研究等等。莫道克大学做出了许多贡献,莫道克的许多研究成果都最终使社会受益,包括植物疾病控制、动物健康、清洁空气、废物处理和环境技术等方面。“优秀大学指南”(The Good Universities Guide)通过调查将莫道克大学评选为在十二年中十一年拥有最高的毕业生满意率的优秀院校,此项成就在澳大利亚大学中无与伦比。2009年莫道克大学商学院在教育评鉴排名全国第26。另外在上海交通大学所评鉴的世界大学学术排行榜上,莫道克大学约在400至500名之间。